基础学科是实现高水平科技自立自强的战略基石。面对新一轮科技革命和产业变革，基础研究加速向学科交叉融合和重大科学问题协同攻关演进，追切需要大批胸怀国之大者的基础学科拔尖创新人才。学校立足国家战略腹地，发挥综合性大学学科优势，自2000年启动基础学科拔尖创新人才培养探索，2009年入选国家首批拔尖基地，2019年成立玉章书院，建成15个“拔尖计划2·0”基地、10个“强基计划”专业。二十余年来，学校坚持服务国家战略需求与遵循人才成长规律相统一，持续推进培养模式改革，着力培养“甘于潜心奉献、善于融通突破、勇于原始创新”的基础学科拔尖创新人才。成果秉持“战略引领、多元协同、能力本位”的育人理念，以教育科技人才一体发展为导向，构建三纵五横“立交桥”人才培养模式。“三纵”打造数理力、化生医、文史哲三大跨学科培养平台，贯通选才鉴才、课程体系、综合素养、生涯发展四个关键环节，实现跨学科、跨学段、跨学院协同培养:“五横”实施个性化优才培养、多元化合作培养、系统化管理服务、全方位教学改革、可持续育人生态五项支持计划，促进培养全过程贯通和优质资源高效配置，构建交叉融通、开放协同、持续发展的育人生态。成果实现三大转变:
  一是育人导向由学科逻辑向国家战略逻辑转变，将服务国家重大战略需求贯穿人才培养全过程。
  二是育人体系由学科分割向协同融通转变，构建教育科技人才一体化发展、科教融汇、产教融合、多主体协同育人新格局。三是育人重心由知识本位向原始创新能力塑造转变，构建科研浸润、大师引领、个性培养与长周期支持相结合的育人机制。2020年，党和国家领导人作出重要批示，勉励川大基础学科拔尖创新人才“继承革命先辈崇高精神，争做‘又红又专’时代新人”。近五年，以“拔尖计划2.0”“强基计划”为牵引，坚持以点带面推进改革，惠及基础学科学生近2万人，涌现“钟家庆数学奖”获得者高斌、华为“天才少年”最高档入选者刘大一恒等一批优秀代表性人才。